La storia si svolge 53 anni dopo gli eventi di D.C. e D.C.S.S. (Da Capo e Da Capo Second Season) sulla stessa isola, Hatsunejima. Il protagonista è; Yoshiyuki Sakurai, nato quando Sakura Yoshino, stanca di essere sola, desiderò attraverso un magico albero di ciliegio una famiglia. Successivamente, però, l'albero inizia ad avere dei malfunzionamenti, e la situazione andrà via via peggiorando, fino ad arrivare a costringere Sakura e Otome, la rappresentante degli studenti, ad una scelta difficile.
