La storia inizia quando lo studente Kazuki Muto cerca di salvare una ragazza: vedendola in difficoltà para il colpo di un Homunculus, metà serpente e metà uomo, usando il suo stesso corpo come scudo e facendosi trafiggere il cuore. Grazie all'alchimia di Tokiko Tsumura, la ragazza salvata precedentemente, il ragazzo riesce a tornare in vita pensando che sia stato solo un brutto sogno. L'incontro con altri mostri gli farà cambiare idea, e grazie all'alchimia che è stata usata per farlo tornare in vita ora può combattere i mostri alla pari. In seguito si scopre l'esistenza di due organizzazioni in perenne lotta fra esse, ma quando quella malvagia viene sconfitta appare un essere supremo dormiente per secoli che semina la distruzione. Per lui il solo respirare porta alla morte delle persone che vi sono attorno, questo causerà un conflitto ideologico nel protagonista che lo farà schierare anche contro l'organizzazione che prima lo aveva aiutato anche perché essi temono che alla fine Kazuki possa diventare proprio come quell'essere.
