Otome wa boku ni koishiteru racconta le vicende di un giovane studente delle scuole superiori, Mizuho Miyanokōji, che seguendo il volere del nonno si ritrova costretto a frequentare una scuola cattolica femminile, l'accademia Seiō. Ovviamente, per far ciò Mizuho è costretto a travestirsi e comportarsi come una ragazza. Con il trascorrere del tempo viene a conoscenza delle motivazioni che hanno spinto suo nonno a prendere tale decisione per il suo futuro: permettere al ragazzo di ritrovare un legame con il passato di sua madre, i cui giorni più felici furono trascorsi proprio alla Seiō, prima della sua morte prematura, avvenuta dopo la nascita di Mizuho.
